在新版故事背景中便充满对战争生灵涂炭的惨烈和对历经战火的人心理创伤的刻画，所以几乎每一集都有对战争的反思。新版《神秘博士》第一季第二集，博士和地球女伴驾驶宇
宙飞船塔迪斯穿越时间来到地球末日，外星人贵族在太空监测站中等待欣赏地球毁灭的景象时，“最后一个纯种地球人”企图制造一起太空意外来骗取保险费。
博士感叹:“五十亿年了，最后还是钱的问题”四十五分钟左右的剧集，不仅完成了一场外星人谋杀故事，且由主角说出挑起战争的由头一一钱，即私利。
主角死里逃生后，地球已经爆炸了，罗斯站在玻璃罩前说:“世界末日，它消失了。我们都忙着拯救自己，谁也没看见它消失的过程四十五分钟左右的剧集，不仅完成了一场外星人谋杀故事，且由主角说出挑起战争的由头一一钱，即私利。
主角死里逃生后，地球已经爆炸了，罗斯站在玻璃罩前说:“世界末日，它消失了。我们都忙着拯救自己，谁也没看见它消失的过程存在那么多年，那么久远的历史，却谁也没有好好看过。”在新版第一季中，历经母星毁灭的博士满腔怒火排斥、抵制战争。
女伴罗斯的人设在对战争与和平方面的思想刚好是互补的，她没有直接控诉战争的残忍，编剧着重刻画她的，是对不同种族外星人牺牲的无力和痛苦及对濒临末日母星的眷恋，无处不体现对生命的悲悯与人性的大爱之情，即便是被博士带走四处旅行的普通地球女孩。
上文提到贯穿新版七季的时间大战不仅是《神秘博士》故事背景设定，也是主角性格形成和变化的原因，在五十周年特辑中，亲手毁灭族人和敌人对博士造成的心理创伤再次由女伴克拉娜·奥斯瓦德点明:“我每天都能从他的眼中看出悔恨，他会不惜任何代价挽回。”
2013年的《神秘博士》五十周年特辑里，编剧斯蒂文·莫法特将反战主题置于第一主题。终止战争毁灭族人的那一任博士选择一个有意识的武器“时刻”，“时刻”将他带到未来，让他亲眼见到历经战争后的自己变成什么样子。
未来的博士数过有多少孩子死于时间战争，一个活在悔恨当中，另一个假装忘记。“时刻”将战争场面投射在三个不同时间点博士周围，让他看到将造成的生灵涂炭场面。
“时空穿越”、“平行时间”这些科幻元素在编剧的交叉叙事下，它们不仅是文本中科幻层面上必要的叙述部分，也成为呈现人物渴求和平、反战人文主题的叙事方式。
《神秘博士》故事由多条主线索和无数分集、分季副线串联，上述提到新版《神秘博士》的背景线索“时间大战”，在五十周年特辑中被强调的另一个主题线索就是“博士”这个称谓。
1963年《神秘博士》第一集《一个不可思议的孩子》问世以来，他的真实姓名就被设定成宇宙间的一个秘密，编剧原本觉得Doctor(博士或医生)很适合第一任饰演者威廉·哈特内尔的形象，一个博学神秘的外星长者。
随着故事的发展尤其是2005年新版重启，主角真实姓名逐渐神秘化，观众和其他角色更多问“DoctorWho”(哪位博士)，而鲜有思考为什么选择这个名字。在《神秘博士》五十周年里，编剧不仅让博士回答了这个问题也让这个名字成为情感变化转折的点睛之笔。
“你说过选择这个名字是一个承诺，是什么承诺?”“永不残忍，永不懦弱，永不放弃，永不屈服。”
最终，身处十三个时间点的博士齐心协力，将母星冻结在平行世界的震撼动人结局，不仅在儿童观众心中种下一颗反对战争的思想种子，也延展出了《神秘博士》中其他故事主题，例如守护家园、血浓于水等等。
血浓于水
《神秘博士》作为儿童电视剧成功表现之一在于，故事的受众不局限于儿童。2005年新版开启之后，在英国很多家庭的圣诞节增添一个传统，就是家人陪伴孩子观看《神秘博士》圣诞特辑。
其观众年龄群的非局限性重要原因之一，便是故事并非仅针对儿童创作，包括主题在内的各个叙事组成部分，都有令其他家庭成员产生共鸣的元素，其中最重要的就是亲情家庭主题。
对西方家庭关系文化一知半解的中国观众对西方家庭关系存在诸如亲情淡漠、父母与孩子生活空间孤立等误解，这种误解的存在可以上溯希腊神话的“仇亲情结”。
心理学家弗洛伊德旁征博引总结出俄狄浦斯情结、埃迪特拉克情结等等，加重扭曲了国人对西方家庭关系的印象。
《神秘博士》在人物的家庭观及家庭关系方面刻画，为中国观众呈现出与众不同却血浓于水的西方家庭观。
上文提及《神秘博士》五十周年特辑剧情，十三位不同时间点的博士联手拯救了母星，故事以博士的内心独白作为结束语。
“克拉娜有时问我是否做梦，我告诉她‘我当然做梦’，人人都会做梦。她问我‘你都梦些什么？’我告诉她‘和其他人梦见的差不多，我梦见我将要去的地方。’她听了就笑，‘你没什么地方要去，你只是在流浪。’‘
从今天起不再是这样了，我有了新的去处，我的旅程和大家的一样，花了我很多年，很多辈子，最终我终于知道我要去哪了，绕了一大圈，’终究是要回家的。”
本剧中这段台词，是家庭与亲人是心灵最终归宿最动人煽情的表现之一，正如德国哲学家海德格尔所说：“无家可归的状态是忘在的标志。”家对于剧中人物而言，不仅是实体存在的某一处或精神寄托，更是自我身份认定的标志，没有家园的博士即是流浪者。
在《神秘博士》里，通过对家人心理方面的依赖和行动方面的找寻来体现血浓于水这一主题有很多经典剧集，例如第一季第八集《父亲节》、第二季第十二集《恐吓她》等等。
女主角罗斯的父亲在她还是个婴儿时便因车祸而死，《父亲节》一集中，罗斯和博士乘塔迪斯回到父亲去世的那一天，罗斯一时冲动救了父亲，改变发生过的事件违反了时间法则。
宇宙将通过消灭地球上所有生物重新洗牌的方式修复这一错误，最后父亲意识到面前的罗斯是长大后的女儿，发现撞死自己的车在路口反复出现，父亲冲出去选择被车撞死来修复这一错误，拯救了所有人。
女儿对父亲的找回与失去的情节矛盾设置，并非因受众是儿童便给他们轻松大团圆结局。亲人离去，“往者不可追”再现了生活的真实，在现实化故事背景下，为女儿自我牺牲的父爱主题对儿童观众起到了珍惜亲人的启示作用。
英雄主义与反英雄主义
影视作品中的英雄主义情结可追溯至美国西部类型片，它反映了这个融合各民族国度追求自由的理想，时势下被创造出的英雄则成为观众的精神寄托。
在文学范畴，反英雄（或者反女英雄）是一个缺乏英雄气概或者品质的领导者，这些品质包括道德、理想、勇气、正直等等。
在二十一世纪英雄叙事重新回归影视剧的年代，英雄人物形象逐渐丰满增添形式感，个性化使其更具吸引力，极大满足了儿童观众的幻想。
反英雄主义则是全面解构英雄主义后的产物，《朗曼20世纪文学指南》对“反英雄”的概念做了简要解释：“反英雄否定行为的准则和先前被视为文明社会基础的社交行为。这些人故意反抗或根本无视行为规范，甚至把现代社会看成非人的世界。”
美国文化下的反英雄主义作品主角通常具备普通人甚至反派的缺点，如海外院线漫威电影《死侍》和DC电影《X特遣队》。
美国作为一个年轻的国度，国民勇于表达思想，强调个体的独立性，所以主体个人需求被强调。
从文化背景来讲与之差异极大的英国，作品里更强调人与人之间的感情和关系处理，又因其主要观众是心理成长时期的儿童，所以《神秘博士》中的反英雄主义并非是单纯使英雄拥有站在其对立面反派的特质，更多是主角亲民化、人性化处理。
上述提及《神秘博士》五十周年特辑中，博士改变以毁灭两族人的形式结束时间大战，他做了一件典型的英雄式壮举，可推动他做出行动的是他的旅伴。
普通的地球人类克拉娜，她对博士说：“我们已经有足够的战士，任何一个老笨蛋都可以成为英雄，我们需要的是一位医生（博士）。”
它打破了“英雄让世界变得更美好”的主题，战火里的人需要的是能够治愈创伤的仁慈。多次强调，他在时空中旅行这么多年，没遇见过哪个人是不重要的。
《神秘博士》第三季第八集《人性》中，博士为了躲避宇宙里一嗜血家族的追捕，变成人类，将记忆和能力隐藏在一块怀表里。当危险来临，旅伴玛莎告诉博士他的真实身份，博士不愿放弃人类生活，做那个生命没有终结孤独的时间旅行者。
编剧在这一集的设计别具匠心，忘记自己身份的博士反观博士其人，承认他的悲哀和无助之处，却不得不成为他。
这一集的故事线将博士的脆弱毫无保留的呈现给观众，他和其他英雄形象一样帮助过他人，拥有常人所没有的超能力，但神秘博士不是一个无坚不摧的求救符号。
时间之河
时间作为当代艺术七大主题之一，其表现形式和内容极具多样性，主要根据文化背景和科学、哲学水平变化而被创作。
东方有时间轮回的说法，而西方有的是线性的时间观，而回到现代，由于新科技和文化的推动，提出相对性和同时性的时间观念，再后来，艺术家们不再用时间的方式去想和表现时间，他们开始在作品中操纵时间，打破时间，探索时间的结构。
以主角穿梭时空作为线索来叙述的《神秘博士》在五十三年里对以上所提及的时间主题均有表现。
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